Existem dois grupos de procariotos reconhecidos atualmente, que são as Archaea e Bacteria. Pelo trabalho de Woese, levando em conta dados de filogenia molecular, elas são tão diferentes que ocupam dois domínios, e as Archaea são mais próximas dos eucariotos (Eucarya) do que de Bacteria:

    Haeckel (1866) foi o primeiro a criar um reino natural para microrganismos, descobertos aproximadamente dois séculos antes pelo mercador holandês Antonie van Leeuwenhoek (inventor do microscópio). Ele classificou todos os organismos unicelulares em um novo reino, "Protista", separado de plantas (Plantae), animais (Animalia) e outros organismos multicelulares, porém, só com o desenvolvimento do microscópio eletrônico na década de 1950, foi revelada a dicotomia fundamental entre os "Protista" de Haeckel. Foi observado que algumas células continham núcleo envolvido por membrana e algumas células não apresentavam esta estrutura intracelular, logo, os organismos que não tinham núcleo envolvido por membrana foram temporariamente classificados por Copeland, em um quarto reino "Monera", ou seja, os procariotos (também denominados Procaryotae). Assim, "Protista" ficou como o reino dos organismos eucariotos unicelulares e, em 1967, Whittaker aperfeiçoou o sistema, expandindo-o para cinco reinos, pela criação do reino "Fungi" como um reino de organismos eucariotos, caracterizados pelo seu tipo de nutrição por absorção.
     Na década de 80, Woese iniciou seus estudos de análise filogenética de todas as formas de vida celulares, baseado na comparação de seqüências de pequenas sub-unidades do RNA ribossômico (ssrRNA) existentes em todos os organismos, revelando uma dicotomia entre procariotos, o que levou Woese a definir os três domínios celulares da vida: Eucarya, Bacteria e Archaea. Os reinos de Whittaker, que abrangiam todos os eucariotos multicelulares são uma pequena ramificação encontrada no final da árvore da vida, e todas as outras ramificações partem de microorganismos, sejam procariotos (Bacteria e Archaea), ou eucariotos unicelulares.
    Assim, evolutivamente, a classificação de Whittaker em cinco reinos: Animalia, Plantae, Fungi, Protista e Monera é antiquada, e existem hoje apenas três domínios: Archaea (também conhecido como archaebacteria), Bacteria (também conhecido como eubacteria) e Eucarya (equivalente a Eukaryota).

Propriedades fenotípicas de Bacteria e Archaea em comparação com Eucarya.

Propriedade	Eucarya	Bacteria	Archaea
Configuração celular	eucarioto	procarioto	procarioto
Membrana nuclear	presente	ausente	ausente
Número de cromossomos	> 1	1	1
Conformação de cromossomo	linear	normalmente circular	circular
Mureína na parede celular	-	+	-
Lipídeos da membrana celular	Glicerídeos ligados a éster; não ramificado; poli-insaturado	Glicerídeos ligados a éster; não ramificado; saturado ou mono-insaturado	isoprenóide glicerol diéter ou di-glicerol tetraéter
Esteróis da membrana celular	presente	ausente	ausente
Organelas (mitocôndria e cloroplastos)	presente	ausente	ausente
Ribossomo	80 S (citoplasmático)	70 S	70 S
Corrente citoplasmática	+	-	-
Meiose	+	-	-
Transcrição e tradução associadas	-	+	?
Amino ácido envolvido na iniciação da síntese de proteínas	metionina	N-formil metionina	metionina
Síntese de proteínas inhibida por estreptomicina e cloramphenicol	-	+	-
Síntese de proteínas inhibida pela toxina diphteria	+	-	+

    As diferenças fundamentais entre os dois grupos de procariotos são:

Quanto à composição da parede celular
  Bacteria: peptídeo-glicano;
  Archaea: constituída de proteínas ou polilissacarídeo.

Quanto à estrutura química dos fosfolipídeos da membrana citoplasmática
  Bacteria: ácidos graxos de cadeia longa
  Archaea: contém álcoois de cadeia longa ramificada (fitanóis).

Quanto à síntese protéica
  Bacteria: o aminoácido usado para iniciar a cadeia protéica é sempre o N-formil metionina;
  Archaea: o aminoácido é a metionina.

     Além do mais as arqueobactérias são notáveis por formarem produtos finais incomuns do metabolismo, que as eubactérias não podem produzir, como o gás metano, ou ainda por habitar ambientes extremamente adversos que muitas eubactérias não podem tolerar.
    As arqueobactérias vivem em ambientes extremos, onde não há possibilidade de vida para outros seres. Há arqueobactérias em fontes termais a quase 100^oC, no Mar Morto, com salinidade altíssima, em ambientes próximos a vulcões, em fontes de enxofre, etc.

                                         Comparando:

Bacteria São divididas em : Aquifex Thermodesulfobacterium Thermotoga Flavobacteria e relacionados Cianobacteria Proteobacteria Bactérias Gram-positivas Bactérias verdes, não sulfurosas Organelas originadas de endossimbiose: Cloroplasto e mitocôndria

Archaea São divididas em três reinos :   Korarchaeota   Crenarchaeota   Euryarchaeota

As bactérias fitopatogênicas são todas pertencentes ao domínio Bacteria, identificadas tradicionalmente de acordo com suas características fisiológicas, através de provas bioquímicas, e patogênicas. A classificação de patovares indica existir especificidade da bactéria com uma gama de plantas hospedeiras bem definida. Já as subespécies são diferenciadas por variações fenotípicas consistentes, observadas em bactérias da mesma espécie, sendo o mais inferior dos taxa reconhecidos. Portanto biovar, patovar, serovar, phagovar e morphovar, são taxa somente usuais.
    Podemos verificar como são caracterizados os principais gêneros, espécies e subespécies de acordo com suas características fisiológicas:

Principais gêneros: recursos para sua correta identificação.

 Referências:

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