O isolamento é um passo muito importante na determinação correta do agente causal, já que ter colônias isoladas permite com que os testes de identificação sejam efetuados corretamente.
    A primeira etapa, ao se verificar que o agente causal se trata de uma bactéria, é fazer a desinfestação do material vegetal, para que muitos organismos saprófitas que se encontram na superfície sejam eliminados, diminuindo a população dos contaminantes que podem crescer no meio de cultura, junto com a bactéria fitopatogênica. Este procedimento é bastante simples:

1) Preparam-se fragmentos de aproximadamente 0,5 x 0,5 cm de tecido vegetal infectado, evitando retirar partes do tecido já iniciando sua decomposição ou muito necrosados, já que saprófitas estarão presentes;

2) Em câmara de fluxo laminar, depositam-se os fragmentos em placa de Petri contendo álcool 70%, para que se "quebre" a tensão superficial do tecido, importante para a atuação do hipoclorito de sódio na etapa seguinte. Manter por 30 s;

3) Retirar os fragmentos com uma pinça previamente flambada e depositar em placa de Petri contendo hipoclorito de sódio (NaOCl) com 2% de cloro ativo. O tempo de permanência dependerá do tipo de tecido infectado, por exemplo, para um fragmento de caule, pode-se deixar por até 5 min, enquanto para um fragmento de folha 1 a 2 min são suficientes;

4) Lavam-se os fragmentos em água estéril para retirar o excesso de hipoclorito de sódio;

5) Maceram-se os fragmentos em 4 a 6 gotas de água estéril, utilizando um bastão de vidro flambado.

    Agora que se tem um extrato contendo células da bactéria a ser isolada, deve-se semear em meio de cultura apropriado, com o auxílio de uma alça de platina, fazendo-se estrias paralelas sem danificar o meio, da seguinte forma:

    Uma observação importante é que entre duas séries de estrias paralelas, deve-se flambar a alça de platina para que haja realmente uma diluição do extrato semeado e conseqüentemente da população de células bacterianas.  
    Somente da 4^a para a 5^a série de estrias não se deve flambar a alça.

    Após o procedimento, leva-se o material para incubadora em temperatura adequada e aguarda-se o aparecimento das colônias bacterianas. Ao se observarem colônias isoladas, transferem-se com o auxílio de uma alça de platina, colônias individuais para meio de cultura contido em tubo de ensaio, semeando em ziguezague  e incubando até o pleno desenvolvimento da cultura (figuras 3 e 4).

Figura 3- Cultura bacteriana pura em meio contido em tubo de ensaio.	Figura 4- Detalhe da cultura em tubo de ensaio.